กระบวนการหลักของสำนักอำนวยการ สป. มีทั้งหมด 34 กระบวนการ ดังนี้

กลุ่มช่วยอำนวยการและประสานราชการ (4 กระบวนการ)

กลุ่มบริหารงานกลาง (6 กระบวนการ)

กลุ่มบริหารงานบุคคล (10 กระบวนการ)

กลุ่มบริหารงานคลังและสินทรัพย์ (11 กระบวนการ)

กลุ่มสารนิเทศ (1 กระบวนการ)

ศูนย์บริการประชาชน (2 กระบวนการ)